W kwaterze po prawej stronie grobli, która została objęta drugim etapem projektu, znajdują się mogiły polskich żołnierzy poległych we wrześniu 1939 roku w czasie walk prowadzonych na Zamojszczyźnie. Ciała żołnierzy ekshumowano w latach 1951-1958. Większość pochówków na cmentarzu to groby zbiorowe, bezimienne, imienne nagrobki mają jedynie nieliczni. W pierwszym etapie projektu przebudowano 10 mogił. Wymieniono krzyże, obrzeża oraz poduszki betonowe na granitowe, wykonano konserwację istniejących tablic z inskrypcjami.
To jednak dopiero początek prac, jakie powinny być przeprowadzone na cmentarzu. Pozostałe mogiły również potrzebują przebudowy. W sąsiedztwie mogił żołnierzy Armii Polskiej znajdują się mogiły żołnierzy Armii Krajowej poległych w bitwie z Niemcami 4 lutego 1943 roku pod Lasowcami oraz w walkach z oddziałami UPA pod Posadowem i Rzeczycą w okresie od kwietnia do czerwca 1944 roku. Renowacji wymaga również część cmentarza położona wokół obiektu Rotunda, obejmująca 481 mogił osób zamordowanych w czasie okupacji niemieckiej, a także kwatery położone po lewej stronie grobli prowadzącej do Rotundy. Pochowano tam żołnierzy Armii Czerwonej i jeńców radzieckich, ofiary Holokaustu ekshumowane m.in. ze Szczebrzeszyna, Nielisza, Krasnobrodu i Zwierzyńca, a także mogiła zbiorowa nieznanych osób ekshumowanych w 1989 roku z grobów w lesie koło Jacni.
Cmentarz wojenny na Rotundzie wraz z budynkiem, to nie tylko elementy fortecznej zabudowy Zamościa, ale również miejsce, gdzie realizowana jest edukacja historyczna i patriotyczna, która wpływa na budowanie świadomości obywatelskiej i wzmacnianie poczucia przynależności narodowej.
Cmentarz wokół Rotundy, a także Mauzoleum Martyrologii „Rotunda” są udostępnione do zwiedzania dla mieszkańców i turystów. Rokrocznie w dniach 1 i 17 września odbywają się tu uroczystości upamiętniające poległych i pomordowanych. W obchodach rocznic wrześniowych biorą udział mieszkańcy Zamościa, uczniowie i reprezentacje instytucji oraz organizacji.